首先，在申請基金選題時，要避免出現以下問題：
一、創(chuàng)新性不足。研究課題的創(chuàng)新性包括概念上的創(chuàng)新、方法上的創(chuàng)新和應用上的創(chuàng)新。以2009年國家自然科學基金委員會生命科學部免疫學科所受理的面上項目為例，三位同行評議專家都認為創(chuàng)新性良好以上的項目僅占35%。
二、關鍵科學問題不明確?？茖W問題不明確是指申請項目中未提及擬解決的科學問題或科學問題表述不清，如國家自然科學基金生命科學部六處曾對2002-2005年間的4740項的專家評審意見進行分析，結果表明，70%以上的申請書被同行專家認為在提出、凝練科學問題方面存在缺陷。
三、立項依據不夠充分。對2003-2006年間國家自然科學基金委員會生命科學部免疫學科所受理的青年基金申請項目的專家定性評價意見的綜合分析結果表明，被專家認為立項依據關鍵論點缺乏科學依據的比例占20.08-46.3%。立項依據主要是針對研究課題的價值和科學性而言的。因此，在選擇研究課題時，要盡量選擇科學問題和科學假說的提出符合科學思維要求的課題。對于針對同一科學問題提出不同科學假說的多個研究課題，應盡量選擇所提出的科學假說解釋能力強、表述結構簡單和預見力強的研究課題。
其次，在申請基金選題時，要遵循以下原則：
一、首先解決“研究什么”的問題，是科研工作成敗的關鍵，也是科學研究的第一步，是直接關系到能否取得成果的前提?！癗o question, No idea”德國物理學家海森堡曾說過“提出正確的問題，往往等于解決了問題的一半”。愛因斯坦也曾指出“提出一個問題往往比解決一個問題更重要，因為解決問題也許僅是一個數學上或實驗的技能而已，而提出新的問題，卻需要有創(chuàng)造性的想象力，而且標志著科學的真正進步”。
二、基金申請成敗關鍵在于選題，并閱讀這年中申請科學基金項目的指南，了解重點與優(yōu)先領域，以確定選題范圍。國家自然科學基金的屬性是堅定不移地支持基礎研究，著力源頭創(chuàng)新，為科技、經濟和社會發(fā)展提供源源不斷的成果和人才儲備，注重創(chuàng)新，為科技發(fā)展提供后勁，主要資助針對我國經濟、社會、科技發(fā)展需求的基礎研究和具有重要價值，原始創(chuàng)新項目。
三、選題應遵循原則有：需要性原則，選擇有重大意義或急需解決的問題;目的性原則，目標集中，不含糊，不籠統(tǒng);創(chuàng)新性原則，針對科學而言，沒有地域性;先進性原則，針對技術而言，有地域性;科學性原則，有依據（A+B=C），符合客觀規(guī)律，設計科學;可行性原則，主要技術指標實現的可能性;效能性原則，社會效益、經濟效益、應用價值等。
四、選題最好以問題為導向，不要以技術為導向，找到問題了，課題就找到了，而拿著新技術去找能解決的問題，效果多數不好，但還是大有人在，比如RNAi。多方法多學科交叉一般都會比較受人青睞，但不能為了交叉而強行交叉。創(chuàng)新性新技術、新理論的課題要有一定的理論與技術基礎，最好有工作基礎，切忌東拼西湊，空中樓閣?；鹕暾堩椖繎x擇自己熟悉，有基礎研究，能發(fā)揮本人學術優(yōu)勢的項目，別跨越太大。
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